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分子動力學(xué)（Molecular Dynamics, MD）模擬（動力學(xué)模擬）是近年來飛速發(fā)展的一種分子模擬方法，它以經(jīng)典力學(xué)、量子力學(xué)、統(tǒng)計力學(xué)為基礎(chǔ)，利用計算機(jī)數(shù)值求解分子體系運動方程的方法，模擬研究分子體系的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)。01分子動力學(xué)模擬背景 作為繼實驗和理論兩種研究方法之后，研究分子體系結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的第三種科學(xué)研究方法，分子動力學(xué)模擬已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于化學(xué)化工、材料科學(xué)與工程、物理、生物醫(yī)藥等科學(xué)和技術(shù)領(lǐng)域，起到越來越重要的作用。 該技術(shù)不僅可以得到原子的運動軌跡，還可以觀察到原子運動過程中各種微觀細(xì)節(jié)。它是對理論計算和實驗的有力補(bǔ)充。 主要優(yōu)點：動態(tài)的研究方法、豐富的分析手段、可與分子對接、藥效團(tuán)等分子模擬方法無縫結(jié)合等。02分子動力學(xué)模擬難點 目前常用的分子動力學(xué)軟件有AMBER，GROMACS和NAMD等，掌握熟練精湛的軟件使用技術(shù)，依托平臺計算資源，短時間內(nèi)可進(jìn)行100ns時間跨度動力學(xué)模擬。 通過對模擬軌跡進(jìn)行聚簇等分析，可獲得分子間各狀態(tài)相對穩(wěn)定構(gòu)型，并通過分析分子間相互作用模式和相互作用能等來鑒定分子間作用機(jī)理。

03分子動力學(xué)模擬的研究內(nèi)容 分子動力學(xué)模擬的研究內(nèi)容主要有以下6個方面：

1. 自組裝模擬

2. 大分子與小分子相互作用（藥物與靶標(biāo)相互作用）

3. 大分子之間的相互作用（蛋白-蛋白相互作用）

4. 溶劑與溶質(zhì)相互作用

5. 大分子、小分子三維結(jié)構(gòu)的優(yōu)化

6. 結(jié)構(gòu)與功能、性質(zhì)的關(guān)系

04分子動力學(xué)模擬服務(wù)內(nèi)容目前常見常用的分子動力學(xué)模擬可選的分析項目有以下7種：

1. 分子構(gòu)象采樣（聚類分析、優(yōu)勢構(gòu)象識別）

2. 相互作用分析（氫鍵網(wǎng)絡(luò)、Contact-Map）

3. 結(jié)合自由能計算（MM-PBSA、TI、FEP）

4. 骨架波動分析（RMSD、RMSF）

5. 熱點殘基分析（Alanine-scanning, Energy-decomposition）

6. 構(gòu)象轉(zhuǎn)變分析（PCA、Energy-landscape plotting）

7. 理化性質(zhì)分析（能量、體積、壓強(qiáng)、溫度、密度監(jiān)測）

05分子動力學(xué)模擬服務(wù)特色與優(yōu)勢 研錦生物是一家專為生物制藥領(lǐng)域提供分子動力學(xué)模擬服務(wù)的專業(yè)信息科學(xué)整體解決方案公司，團(tuán)隊成員均為來自海內(nèi)外著名高?；蚩蒲袡C(jī)構(gòu)的研究人員，在藥物和生物體系的分子動力學(xué)模擬方面擁有豐富的經(jīng)驗。已經(jīng)獨立或協(xié)助客戶完成了大量相關(guān)課題，通過實驗和計算相輔相承，很多成果都發(fā)表在生命醫(yī)藥領(lǐng)域的各類著名SCI期刊。我們的研究人員通常要求對生物實驗也有充分的了解，可以通過簡單的描述快速了解項目的情況，并根據(jù)委托方需求，迅速建立一套可行的研究方案，省去大量文獻(xiàn)調(diào)研的時間。 此外，我們與多個高?；蜓芯繖C(jī)構(gòu)有合作，對于一些復(fù)雜問題可以咨詢業(yè)內(nèi)專家的意見與建議。全部計算完成之后，可以按照委托方的要求出具中英文分析報告，也可以協(xié)助英文學(xué)術(shù)論文或?qū)＠鹊膶懽鳎约疤峁┩陡褰ㄗh等。